自耦變壓器和隔離變壓器是變壓器的兩種不同的形式，它們的工作原理是相同的，都是利用線圈中交變磁場和交變電流間的一種能量轉換來變換電壓的。但卻在很多方面都表現出了區別。

比如說它們的線圈結構，自耦變壓器的原邊線圈和副邊線圈是共用的一個線圈，副邊電壓輸出利用的是線圈的自感而產生的一個電壓。輸出電壓的大小是根據線圈公共輸出部分的匝數與線圈總匝數的比例來計算的。如果是三相自耦變壓器，每相只有一個線圈，總共有三個線圈。

而隔離變壓器的原邊線圈和副邊線圈是彼此獨立的，副邊的電壓輸出是利用線圈之間的互感而產生的，輸出電壓的大小同樣是根據原副邊間線圈的匝數比來計算的。所以，如果是三相的隔離變壓器，它則有六個線圈,每相上兩個線圈以內外套裝的形式結合成一個整體。

其次，兩者的線圈聯接方式也不同。自耦變壓器每相上的原邊線圈和副邊線圈實際上是一個線圈,它的聯接方式有“Y”和”△”接法。而隔離變壓器由于原副線圈是彼此獨立的，所以它允許原邊線圈與副邊線圈的聯接方式可以是相同的也可以是不同的，根據線圈相位的不同，可以延伸出幾十種不同的聯接方式。

自耦變壓器運行中，輸入側與輸出側既有電的聯系又有磁的聯系。因為，公共部分的輸出電壓是線圈的自身自感產生的感生電壓，是利用線圈中在交變磁場而產生的感生電流來實現感生電壓的。另一方面由于自耦變壓器的原邊線圈和副邊線圈本身是一個線圈，工作中輸入與輸出側就是直接連在一起的，只是輸出電壓有了變化而已，所以自耦變壓器運行中既存在電的聯系又存在磁的聯系。

而隔離變壓器運行中，因為原邊線圈和副邊線圈不是相通的，而是彼此獨立的，因而隔離變壓器運行中只磁的聯系而沒有電的聯系。運行中，人體不小心觸摸到隔離變壓器輸出的單個端時，一般是不會觸危險存在。